张家港市政协机关内设“一室六委”，即：市政协办公室、提案委员会、经济科技和农业农村委员会、 社会事业委员会、城乡建设委员会、港澳台侨（民宗）委员会、文化文史委员会。市政协办公室下设：秘书科、行政科、服务联络科、社情民意信息科和委员联络服务中心

市政协设立13个界别委员之家：社会科学界、社会福利和社会保障界委员之家、侨联界、民族宗教界委员之家、经济界委员之家、教育界委员之家、民盟界委员之家、农业农村界、无党派人士界委员之家、特邀界委员之家、文艺新闻界、体育界委员之家、医卫界委员之家、工会、共青团、妇联界委员之家、工商联界委员之家、农工党界委员之家。

市政协派出机构在各个镇（区、街道）成立政协工作委员会，接受市政协和各镇（区、街道）党委共同领导。即政协张家港市委员会杨舍镇工作委员会、政协张家港市委员会塘桥镇工作委员会、政协张家港市委员会锦丰镇工作委员会、政协张家港市委员会乐余镇工作委员会、政协张家港市委员会凤凰镇工作委员会、政协张家港市委员会南丰镇工作委员会、政协张家港市委员会大新镇工作委员会、政协张家港市委员会常阴沙现代农业示范园区工作委员会、政协张家港市委员会金港街道工作委员会、政协张家港市委员会后塍街道工作委员会、政协张家港市委员会德积街道工作委员会。